Tras cuatro temporadas consecutivas en Primera División, el club desciende en la temporada 1979/80. En estas dos últimas temporadas del equipo en la élite, caben destacar jugadores como el centro campista Miguel Ángel Portugal o el defensa Antonio García Navajas, quienes también ficharon posteriormente por el Real Madrid. Juan Riu es sustituido por el prestigioso médico Tomás Rodríguez y produce un cambio de nombre del club, llamándose a partir de ahora Gimnástica de Burgos.